Việc sử dụng đất đai luôn chịu sự ảnh hưởng của nhân tố tự nhiên, do vậy khi sử dụng đất đai ngoài bề mặt không gian cần chú ý đến việc thích ứng với điều kiện tự nhiên và quy luật sinh thái tự nhiên của đất cũng như các yếu tố bao quanh mặt đất như nhiệt độ, ánh sáng, lượng mưa, không khí và các khoáng sản trong lòng đất... Trong điều kiện tự nhiên, khí hậu là nhân tố hạn chế hàng đầu của việc sử dụng đất đai, sau đó là điều kiện đất đai (chủ yếu là địa hình, thổ nhưỡng) và các nhân tố khác.

- Điều kiện khí hậu:

Các yếu tố khí hậu ảnh hưởng rất lớn, trực tiếp đến sản xuất nông nghiệp và điều kiện sinh hoạt của con người. Nhiệt độ bình quân cao hay thấp, sự sai khác nhiệt độ về thời gian và không gian, sự sai khác giữa nhiệt độ tối cao và tối thấp, thời gian có sương dài hoặc ngắn... trực tiếp ảnh hưởng đến sự phân bố, sinh trưởng và phát triển của cây trồng, cây rừng và thực vật thủy sinh... Cường độ ánh sáng mạnh hay yếu, thời gian chiếu sáng dài hay ngắn cũng có tác dụng ức chế đối với sinh trưởng, phát dục và quá trình quang hợp của cây trồng. Chế độ nước vừa là điều kiện quan trọng để cây trồng vận chuyển chất dinh dưỡng vừa là vật chất giúp cho sinh vật sinh trưởng và phát triển. Lượng mưa nhiều hay ít, bốc hơi mạnh hay yếu có ý nghĩa quan trọng trong việc giữ nhiệt độ và độ ẩm của đất cùng khả năng đảm bảo cung cấp nước cho sự sinh trưởng của động thực vật. Tuy nhiên, cần lưu ý rằng các yếu tố khí hậu có các đặc trưng rất khác biệt giữa các mùa trong năm cũng như các vùng lãnh thổ khác nhau.

- Yếu tố địa hình:

Địa hình là yếu tố có ảnh hưởng rất lớn đến việc sử dụng đất của các ngành nông nghiệp và phi nông nghiệp.

Đối với sản xuất nông nghiệp, sự sai khác giữa địa hình, địa mạo, độ cao so với mặt nước biển, độ dốc và hướng dốc, sự bào mòn mặt đất và mức độ xói mòn ... thường dẫn đến sự khác nhau về đất đai và khí hậu, từ đó ảnh hưởng đến sản xuất và phân bố các ngành nông - lâm nghiệp, hình thành sự phân biệt địa giới theo chiều thẳng đứng đối với nông nghiệp. Bên cạnh đó, địa hình và độ dốc ảnh hưởng đến phương thức sử dụng đất nông nghiệp từ đó đặt ra yêu cầu phải đảm bảo thủy lợi hóa và cơ giới hóa cho đồng ruộng nhằm thu lại hiệu quả sử dụng đất là cao nhất.

Đối với ngành phi nông nghiệp, địa hình phức tạp sẽ ảnh hưởng đến giá trị công trình và gây khó khăn cho thi công.

- Yếu tố thổ nhưỡng:

Mỗi loại đất đều có những đặc tính sinh, lý, hóa học riêng biệt trong khi đó mỗi mục đích sử dụng đất cũng có những yêu cầu sử dụng đất cụ thể. Do vậy, yếu tố thổ nhưỡng quyết định rất lớn đến hiệu quả sản xuất nông nghiệp. Độ phì của đất là tiêu chí quan trọng về sản lượng cao hay thấp. Độ dày tầng đất và tính chất đất có ảnh hưởng lớn đến sự sinh trưởng của cây trồng.

- Yếu tố thủy văn:

Yếu tố thủy văn được đặc trưng bởi sự phân bố của hệ thống sông ngòi, ao hồ... với các chế độ thủy văn cụ thể như lưu lượng nước, tốc độ dòng chảy, chế độ thủy triều... sẽ ảnh hưởng trực tiếp tới khả năng cung cấp nước cho các yêu cầu sử dụng đất.

Đặc thù của nhân tố điều kiện tự nhiên mang tính khu vực. Vị trí của vùng với sự khác biệt về điều kiện ánh sáng, nhiệt độ, nguồn nước và các điều kiện tự nhiên khác sẽ quyết định đến khả năng, công dụng và hiệu quả của việc sử dụng đất đai. Vì vậy, trong thực tiễn sử dụng đất cần tuân thủ quy luật tự nhiên, tận dụng các lợi thế nhằm đạt được hiệu ích cao nhất về xã hội, môi trường và kinh tế.