Các bệnh truyền qua nước có thể do nhiều loại vi sinh vật gây ra, bao gồm virus, vi khuẩn và động vật nguyên sinh. Một số bệnh truyền qua nước do virus gây ra bao gồm viêm gan A, Rotavirus và bệnh do virus Norwalk. Một số vi khuẩn gây bệnh truyền trong nước bao gồm phẩy khuẩn Cholerae, Legionella, Salmonella typhi vμ Shigella. Hai loài động vật nguyên sinh phổ biến gây bệnh truyền qua nước là Giardia và Cryptosporidum. Sự thay đổi của khí hậu, mất cân bằng các hệ sinh thái và mối liên quan tới một số bệnh truyền qua nước do virus, vi khuẩn và động vật nguyên sinh luụn cú mối quan hệ mật thiết với nhau.

Rotavirus: thuộc họ Reoviridae - gây viêm dạ dày ruột cấp tính. Có tất cả 6 nhóm khác nhau và 3 trong số này (còn gọi là nhóm A, B và C) lây nhiễm và gây bệnh cho người. Rotavirus nhóm A là một bệnh dịch phổ biến trên toàn thế giới. Đây là nguyên nhân hàng đầu gây tiêu chảy ở trẻ sơ sinh và trẻ nhỏ, chiếm khoảng một nửa các ca bị bệnh đường ruột phải đến bệnh viện. Ở những vùng ôn đới, bệnh chủ yếu xảy ra vào mùa đông, nhưng ở các nước nhiệt đới thì Rotavirus gây bệnh quanh năm. Rotavirus nhóm B (hay còn gọi là Rotavirus gây tiêu chảy ở người lớn (ADRV) gây ra nhiều vụ dịch tiêu chảy nguy hiểm. Rotavirus nhóm C lác đác gây ra một vài vụ dịch tiêu chảy ở trẻ em trên nhiều nước. Căn bệnh nμy có thể tự khỏi, mức độ có thể từ nhẹ đến nguy hiểm và thuờng gồm các triệu chứng như nôn mửa, tiờu chảy và sốt nhẹ. Rotavirus đuợc lây truyền qua đường phân - miệng. Sự lây lan từ người này sang người khác thông qua tay bị nhiễm bẩn là con đường lây truyền quan trọng nhất của Rotavirus trong các cộng đồng sống đông đúc, chật hẹp. Vì người bệnh thường thải ra virus với số lượng lớn (khoảng 108-1010 virus/100ml phân), do đó chúng ta rất dễ mắc bệnh khi tiếp xúc với tay, bát đũa hay các vật dụng khác bị nhiễm bẩn. Rotavirus tồn tại khá bền vững trong môi trường, do vậy công tác vệ sinh an toàn thực phẩm và vệ sinh môi trường yếu kém là một trong những nguyên nhân chính làm lây lan căn bệnh này.

Bệnh tả: sự ấm lên trên toàn cầu và những thay đổi về nhiệt độ bề mặt nước biển cũng có thể dẫn tới sự gia tăng các bệnh lây truyền qua đường nước như bệnh tả do vi khuẩn tả. Ngày càng có nhiều bằng chứng cho thấy các loài thực vật phù du là nơi trú ẩn của các vi khuẩn tả giống bào tử ngủ, chúng trú ngụ ở dưới các lớp tảo dày. Khi đại dương ấm lên, các thực vật phù du sinh sôi nảy nở và theo đó các khuẩn hình que gây bệnh tả xuất hiện trở lại dưới dạng lây nhiễm. Nói một cách khác, những thay đổi của hệ sinh thái đại dương đóng vai trò hết sức quan trọng trong sự lây truyền bệnh tả. Theo Tiến sĩ Paul Epstein, một số bệnh lây nhiễm qua nước như bệnh tả đang hoμnh hμnh ở nhiều quốc gia và gây hậu quả nặng nề chưa từng thấy, ông cho rằng đây là một trong những hậu quả của thay đổi khí hậu vàμ mất cân bằng sinh thái.

Bệnh lỵ do trực khuẩn Shigella: ở Việt Nam, bệnh lỵ trực khuẩn rất hay gặp, đặc biệt vào mùa hè. Vi khuẩn gây bệnh chủ yếu là Shigella flexneri. Vi khuẩn lỵ theo thức ăn, nước uống bị nhiễm khuẩn vào đường tiêu hoá. Chúng cư trú trong ruột già rồi sinh sản và xâm nhập vào thành ruột. Độc tố của chúng giải phóng ra kích thích thần kinh ở ruột, gây viêm loét, xuất tiết tại chỗ, do đó bệnh nhân có cảm giác đau bụng quặn, mót rặn, đi ngoài phân có nhầy, máu. Nếu được chẩn đoán và điều trị kịp thời sẽ khỏi, không có biến chứng; nếu điều trị muộn, bệnh nhân có thể tử vong. Bệnh có thể gây dịch qua đường ăn uống. Trong các yếu tố nguy cơ thì tình trạng suy dinh dưỡng (trọng lượng theo tuổi nhỏ hơn 70%) là hậu quả của căn bệnh này. Khi nhiễm bệnh, trẻ kém hấp thụ và mất chất dinh dưỡng. Với những trẻ bị suy dinh dưỡng, tình trạng dinh dưỡng càng bị giảm sút khi nhiễm phải bệnh này. Các thuốc kháng sinh có tác dụng làm giảm số lượng vi khuẩn ở đại tràng cũng làm giảm tác dụng gây hoại tử của độc tố Shigella, nhưng lại làm mất những chất dinh dưỡng có trọng lượng lớn (protein), dẫn đến tình trạng suy dinh dưỡng ở trẻ. Biện pháp phòng bệnh chủ yếu là vệ sinh phân, nước, rác, quản lý và điều trị kịp thời bệnh nhân, tránh lây lan.

Lỵ amip: bệnh do đơn bào amip gây nên, có thể gây lỵ amip cấp hoặc mạn tính. Bệnh dễ mắc khi ăn uống thiếu vệ sinh, điều kiện vệ sinh môi trường xung quanh kém, tạo điều kiện cho ruồi phát triển và truyền bệnh. Đây là bệnh lây qua đường tiêu hóa. Amip theo thức ăn, nước uống vào miệng; khi đến ruột thì xâm nhập vào niêm mạc ruột, gây ra những vết loét nhỏ trong lòng ruột và biểu hiện bên ngoài bằng hội chứng lỵ. Thời gian ủ bệnh tương đối dμi (7-90 ngày). Với triệu chứng chính là: bệnh nhân đau bụng mơ hồ, ăn kém ngon, người mệt mỏi và hay đổ mồ hôi. Tiếp theo là xuất hiện hội chứng lỵ: đau dọc theo khung ruột già, đi ngoài 5-15 lần /ngày ra chất nhầy lẫn máu và có cảm giác mót rặn. Bệnh nhân không bị sốt, soi trực tràng thấy có vết loét hình dấu ngón tay, trên mặt phủ lớp nhầy lẫn máu. Nếu chữa trị đúng và kịp thời thì bệnh nhân sẽ khỏi hoàn toàn và không để lại di chứng. Nếu chữa trị không kịp thời hoặc không đúng cách thì bệnh nhân có nguy cơ bị biến chứng áp xe gan, xuất huyết, thủng ruột và một số biến chứng khác hoặc chuyển sang viêm ruột mạn tính.

Bệnh do Cryptosporidim: là một bệnh đường ruột do động vật ký sinh Cryptosporidium gây ra. Triệu chứng chính của Cryptosporidium là tiêu chảy, đau bụng, buồn nôn, nôn, sốt, đau đầu và ăn không ngon miệng. Nhiều người bị nhiễm Cryptosporidium nhưng không có biểu hiện lâm sàng. Tất cả mọi người đều có nguy cơ bị nhiễm bệnh. Ở những cá thể khoẻ mạnh với hệ miễn dịch hoạt động bình thường thì các triệu chứng sẽ kéo dài trong vòng 2 tuần hoặc ngắn hơn. Tuy nhiên, ở những người bị suy giảm miễn dịch thì căn bệnh có thể kéo dài và gây nguy hiểm đến tính mạng. Cryptosporidium tồn tại trong phân của người bệnh hay phân của động vật. Bệnh được truyền từ người này sang người khác hay từ động vật sang người qua môi trường nước. Nếu một người uống phải nước bị nhiễm bẩn có chứa Cryptosporidium mμ không được xử lý cẩn thận thì sẽ bị nhiễm bệnh. Để đề phòng bệnh này, ngoài việc bảo vệ nguồn nước khỏi bị ô nhiễm phân người và động vật, các nhà máy xử lý nước thải và sinh hoạt phải áp dụng các biện pháp lọc và xử lý hữu hiệu thì chúng ta còn phải thực hiện tốt công tác vệ sinh cá nhân và luôn ăn chín uống sôi.

Ngộ độc thực phẩm do tảo độc: sự ấm lên của nước biển cũng kích thích sự sinh trưởng và phát triển của các loài tảo độc vμ sự kiện này thường được gọi là thuỷ triều đỏ "red tides". Các loài cá và động vật có vỏ (như trai, sò, cua, tôm ...) ăn tảo độc và độc tố sẽ tích tụ lại trong cơ thể của chúng. Đến lượt chúng ta ăn các loài hải sản này và bị ngộ độc thực phẩm.