Môi trường đất tại các khu vực nông thôn hiện nay mang những đặc điểm và hiện trạng nổi bật sau:

• Chua hóa (acid hóa), suy giảm chất hữu cơ và mất cân đối dinh dưỡng: Do thói quen lạm dụng phân bón vô cơ, đặc biệt là phân đạm đơ độc, trong khi sử dụng rất ít phân lân và kali (tỷ lệ N-P-K sử dụng tại Việt Nam là 10-3-1, bị mất cân đối nghiêm trọng so với tỷ lệ 10-4-3 của thế giới). Điều này khiến cấu trúc đất bị phá hủy, chất hữu cơ suy giảm nhanh chóng và làm đất bị chua hóa, bạc màu.
• Tích tụ kim loại nặng và hóa chất nông nghiệp tồn dư:
  • Một số loại phân lân nhập khẩu (từ Nam Mỹ, Châu Phi) chứa hàm lượng Cadmium (Cd) rất cao (trên 200 ppm). Phân bón chế biến từ rác thải đô thị hoặc phân chuồng chưa ủ hoai mục mang hàm lượng Thủy ngân (Hg) và vi sinh vật gây bệnh (Coliforms) tích tụ vào đất.
  • Phân và nước thải chăn nuôi lợn, gia súc chứa các kim loại nặng được thêm vào thức ăn công nghiệp như Đồng (Cu), Kẽm (Zn), Chì (Pb), Asen (As), Niken (Ni) làm rối loạn độ phì nhiêu và thay đổi tính chất lý - hóa của đất canh tác.
  • Lạm dụng thuốc bảo vệ thực vật (BVTV) cùng thói quen vứt bao bì chai lọ hóa chất bừa bãi tại bờ ruộng khiến các độc chất ngấm sâu, làm ô nhiễm môi trường đất và tiêu diệt các tập đoàn vi sinh vật đất có ích.
• Ô nhiễm do chất thải rắn chăn nuôi, làng nghề và bùn thải thủy sản:
  • Các làng nghề nông thôn (tái chế kim loại, dệt nhuộm, gốm sứ, chế biến nông sản) thải ra lượng chất thải rắn khổng lồ như bavia, rỉ sắt, phoi kim loại, da vụn, chất dẻo, vỏ thùng chứa hóa chất và đặc biệt là xỉ than đổ thải trực tiếp ra mặt đất, gây ô nhiễm và suy thoái đất nghiêm trọng.
  • Hoạt động nạo vét bùn thải ao nuôi thủy sản tại các vùng ven biển làm giải phóng các ion kim loại và axit phèn (Fe²⁺, Fe³⁺, Al³⁺, SO₄^2-), gây chua hóa môi trường đất xung quanh.
• Tình trạng phân mảnh (manh mún) và suy giảm quỹ đất nông nghiệp:
  • Mức độ phân mảnh đất đai tại Việt Nam rất cao (diện tích đất sản xuất nông nghiệp bình quân đầu người chỉ đạt khoảng 0,25 ha, thấp hơn mức 0,52 ha của thế giới và 0,36 ha của khu vực). Tình trạng này làm lãng phí khoảng 4% diện tích canh tác dành cho bờ bao, ranh giới.
  • Quỹ đất nông nghiệp chất lượng cao đang bị thu hẹp mạnh mẽ do tốc độ công nghiệp hóa và đô thị hóa (chuyển đổi đất canh tác sang đất phi nông nghiệp, làm tăng tỷ lệ bê tông hóa).
• Rủi ro xói mòn và rửa trôi đất dốc: Tại các vùng trung du và miền núi, việc canh tác thiếu các biện pháp bảo vệ đất dốc hoặc gia tăng tần suất làm đất làm lớp đất mặt dễ bị nước mưa và gió rửa trôi, gây sạt lở, mất mùn và khoáng chất dinh dưỡng